1.雙雜交探針：就是在兩條寡核苷酸雜交探針上分別標(biāo)記熒光供體基團和熒光受體基團，兩基團的激發(fā)光光譜有一定程度的重疊。對兩條探針的要求是，其與靶核酸的雜交位置應(yīng)相互鄰近。當(dāng)兩條探針與靶基因同時雜交時，兩個熒光基團靠得很近，其間的距離在1~10 nm(通常為1~5個堿基)，依據(jù)FRET原理，在供體基團一定波長的激發(fā)光作用下，發(fā)生能量傳遞，從而激發(fā)受體基團發(fā)射另一種熒光，熒光強度和PCR反應(yīng)中DNA合成量成正比。

2.染料法：SYBR Green I是一種比較常見的熒光染料，可以非特異的結(jié)合雙鏈DNA小溝，它可以嵌合進(jìn)DNA雙鏈，但不結(jié)合單鏈。當(dāng)SYBR Green I在溶液面未結(jié)合雙鏈DNA時，僅產(chǎn)生很少的熒光，當(dāng)它結(jié)合雙鏈DNA時，就發(fā)射出很強的熒光信號。

3.TaqMan探針：TaqMan探針是一個與模板特異性結(jié)合的熒光探針，它的 5'端標(biāo)記有熒光報告基團(Reporter, R)，3'端標(biāo)記有熒光淬滅基團(Quencher, Q)。當(dāng)探針完整的時候，熒光基團和淬滅基團距離很近，使得熒光基團發(fā)射的熒光被淬滅。